Manastırın bu avlusu, kareye yakın dikdörtgen bir plana sahiptir ve dört cephesi de sivri kemerli revaklarla çevrilidir. Revak ayaklarında düzgün kesme taş, üst örtüsünde ise bazalt taş kullanılmıştır. Tonoz örtüler, mimari açıdan etkileyici bir görsellik sunar.
Avlunun tam ortasında, yaklaşık 8 metre derinliğinde bir su kuyusu yer alır. Kilit taşlarla örülü bu kuyu, geçmişte manastırın su ihtiyacını karşılamak amacıyla kullanılmıştır.
Kuzey ve güney yönlerinde, revakların gerisinde yer alan odalar, ruhban öğrencilerinin konakladığı ve zaman zaman inzivaya çekildikleri alanlardır. Bu odalarda duvar nişleri ve küçük pencereler bulunur; üst örtüleri tonozludur ve inşasında bazalt taş kullanılmıştır.
Avludaki Kitabeler:
Revaklı avlunun çeşitli noktalarında yer alan taş kitabeler, manastırın geçmişine dair önemli bilgiler sunar. Kitabelerde kullanılan yazı stili, “Gerşuni” olarak bilinen, Süryanice harflerle yazılıp Arapça okunan özel bir yazı stilidir.
ğ Kitabe (Revaklı bölümde):
“Efendimiz Patrik II. Yakup ve hizmetkârı Rahip Davud, Rabbin inayetiyle bu revakların inşasına ilgi göstermişlerdir.”(Yıl: 2166 Yunan - Miladi 1855) Sol Kitabe (Revaklı bölümde): “Bu binanın yapımına Beşiriye halkı katkı sağlamıştır. Ustalar: İbrahim M. Melek, Sefere, Reşşo ve Melke.”
(Miladi 1856)
Kuzey cephesindeki odanın penceresi üstü kitabesi:
Yalnızca “Ekim ayı...” ve “...yılı” ifadeleri okunabilmektedir.
Üçüncü Avluya (Kilisenin Naosuna) Geçişteki Kitabe (Doğu Cephesi):
Büyük oranda tahrip olmuş olan bu kitabede sadece şu kısımlar seçilebilmektedir: “Meryem Ana Kilisesi… Mor İğnatıyos döneminde… Bate Köyü’nden Peder …”
lise Kapısının Sol Duvarındaki Kitabe:
“Murad kızı Hısne, Matay döneminde kendi malından yüz lira vermiştir. Benim için dua edin. 1807 yılında Rab onu bereketli kılsın.”
Bu kitabeler, genellikle yapım değil, onarım tarihlerini işaret etmektedir. Bulundukları alanlarda gerçekleşen bakım ve inşaat faaliyetlerine dair bilgi vermektedirler.